Метою заходів, які проводяться в рамках карантину рослин, є попередження потрапляння в країну нових видів шкідників, бур'янів і хвороб. А також, виявлення і знищення шкідників і збудників, що вже проникли на територію України.
Розділяють зовнішній і внутрішній карантин рослин. Всі ввезені в Україну вантажі, що мають карантинне значення мають підлягати огляду фахівцями. У разі виявлення шкідників вантаж дезінфікують або знищують.
Карантинний організм - вид бур'янів, хвороб або шкідників, якого немає або майже немає на території країни. Але внаслідок завезення або самостійного розповсюдження він може потрапити всередину, що заподіє економічні збитки.
Унаслідок розширення торгових, науково-технічних і культурних зв'язків між країнами, а також, розвитку туризму можливості карантинних організмів до поширення наростають.
Спочатку, карантином була ізоляція кораблів на віддаленому рейді терміном в 40 днів. Таке правило законодавчо оформили в Італії вже в 1734 році. Тривала ізоляція на далекому рейді повинна була захистити від завезення чуми зі східних країн.
У сфері лісового та сільського господарства термін «карантин» став застосовуватися з 1851 року, коли в Парижі була прийнята конвенція з карантину рослин. Ці заходи регламентували завезення і розповсюдження небезпечної іноземної флори і фауни. Потужним стимулом до розвитку законодавства стала ситуація із завезенням з Америки філоксери, що знищила великі площі виноградників на півдні Європи.
Для запобігання поширенню філоксери в Росії в 1873 році був прийнятий указ про заборону ввезення виноградних лоз і їх частин. Наступний масштабний крок був прийнятий в Швейцарії в 1877 році на нараді представників цілого ряду країн.
У 1951 році був підготовлений проект міжнародної конвенції по захисту рослин (IPPC). Дана конвенція була прийнята більш ніж 50 країнами. З 1983 року згідно з рішенням міжнародної організації ФАО з'явився новий термін - карантинний організм. Цим терміном називаються всі карантинні бур'яни, шкідники та хвороби.
Міністерством агропромислового комплексу в Україні в 1992 році затверджено «Перелік шкідніків, хвороб рослин та бур'янів, які мають карантинне значення в Україні». 30 червня 193 року Верховною Радою прийнято Закон України «Про карантин рослин». 20 жовтня 1993 року Постановою Кабінету Міністрів України затверджено Статут Державної служби з карантину рослин.
З 1994 року Україна входить до складу Європейської та Середземноморської організації із захисту рослин. У 2006 році Україна приєдналася до Міжнародної конвенції із захисту рослин ФАО.
Завдання карантинної служби України на сьогодні визначені такі:
